Plot episod sering memaparkan sekitar kelas pembelajaran dan permasalahan di sekolah, atau berkisar tentang Rantarou dan rakannya menyelesaikan masalah bagi sesiapa yang mereka jumpa. Lazimnya, ia adalah cerita yang pelbagai episod. Banyak watak yang muncul dalam cerita ini sama ada kemunculan sekejap atau mempengaruhi banyak cerita lain.

Walaupun di setkan ketika zaman feudal Jepun, anakronisme berlaku iaitu tidak terlalu mengikut peredaran masa. Bukan sahaja watak melampaui hukum fizik, tetapi mereka turut menembusi tembok ketiga. Watak sendiri tahu yang mereka adalah watak dalam cerita dan menggunakan kelebihan itu untuk 'merentasi ruang dan masa' untuk mendapatkan maklumat. Ini berlaku dalam manga apabila watak sering kembali ke muka sebelumnya atau merujuk jilid terdahulu.

Sinopsis

Ceritanya agak mudah dengan Rantarou, seorang budak lelaki bercermin mata dan berambut merah, menghadiri Ninjutsu Gakuen (Sekolah Ninja). Dia ingin untuk menjadi ninja elit, tidak seperti bapanya yang hanya ninja biasa dan miskin. Di sekolah, dia berkawan dengan Kirimaru dan Shinbei. Kirimaru ialah seorang yang mata duitan. Dia sering melakukan kerja sambilan untuk mendapatkan duit. Disebabkan Kirimaru tidak mempunyai keluarga, dia sering tinggal bersama Cikgu Doi (yang turut "membantunya" dengan kerja sambilannya) apabila cuti sekolah. Shinbei, budak montel yang hingusnya sering meleleh dan rambut yang boleh menjadi sebahaya senjata, adalah anak orang kaya. Walau bagaimanapun, Shinbei tidaklah begitu bijak dan sering ketinggalan walaupun dalam perbualan.

Ketiga-tiga mereka merupakan ahli Ichinen-hagumi (tahun satu kelas "ha" (catatan: "ha" adalah yang ketiga dalam susunan kana "i ro ha", dan kelas-kelas di sekolah dinamakan Igumi, Rogumi, and Hagumi). Malangnya bagi guru, Hagumi kelihatan memiliki pelajar tahun satu yang teruk. Di Ninjutsu Gakuen, pelajar dipanggil "Nintama", pecahan dari suku pertama perkataan kanji "Ninjutsu/Ninja" (Nin), dan "tamago", yang bermaksud telur. Maka, Nintama membuat terjemahan terus bermaksud "Ninja telur" atau lebih difahami, Ninja yang muda.

Dua watak utama guru adalah Cikgu Yamada dan Cikgu Doi. Cikgu Yamada-sensei lebih kepada seorang lelaki yang tiada tarikan fizikal dan setiap kali perlu menyamar, dia akan menyamar menjadi wanita (yang agak buruk rupanya). Dia mengambil tugas dalam pengajaran di luar atau kelas lapangan. Cikgu Doi pula masih muda dan sekitar 25. Dia mengajar di dalam kelas.

Pelajar kelas Hagumi sering menghabiskan masa dengan membuat lawak dari belajar dan Cikgu Doi sering hilang kesabarannya disebabkan itu.

Cerita yang paling menarik ialah tentang sekumpulan ninja berpakaian merah dari Istana Dokutake. Ninja Dokutake diketuai oleh seorang lelaki pendek berkepala besar iaitu Hieta Happousai.